L'obiettivo di Indy, e l'obiettivo della storia, era quello di ottenere il controllo dell'Arca dell'Alleanza e impedire ai nazisti di usarla come arma o per propaganda. Mentre è ostacolato in questo in quasi ogni punto del film e, fino agli ultimi minuti, tutto ciò che fa è stato annullato dai nazisti o da Belloq, diamo un'occhiata a cosa succede dopo il culmine della storia.
Dopo che Belloq apre l'Arca e scatena eventi climatici e catastrofici, Indy e Marian vengono risparmiati (perché sono per natura buoni o perché hanno chiuso gli occhi, o per qualche altra ragione che non apprendiamo mai). A quel punto Belloq e tutti i nazisti con lui se ne sono andati. Ma Indy e Marian sono ancora su un'isola con una base sottomarina tedesca. Presumibilmente ci sarebbero ancora membri dell'equipaggio del sottomarino e dell'equipaggio della base che non erano con Belloq e stavano presidiando la base e il sottomarino.
Non sappiamo se sia stato facile o difficile, ma Indy lo è in grado di prendere l'Arca da dove si trovava, trasportarla con successo di nuovo attraverso il deserto e comunque organizzarsi per riportarla negli Stati Uniti con successo. Alla fine vediamo l'Arca in un magazzino negli Stati Uniti (o in qualche nazione di lingua inglese), fuori dalle mani dei nazisti e in deposito.
Quindi, durante il climax, Indy non ha avuto alcun effetto , ma dopo di ciò, abbiamo prove che ha raggiunto il suo obiettivo e, alla fine, ha tenuto l'Arca fuori dalla portata e dal controllo nazista. Non vediamo come ha fatto e potrebbe essere stato qualcosa di semplice come segnalare a una nave alleata di ottenere un trasporto dall'isola o difficile come disabilitare la base nazista e requisire il sottomarino e riprenderlo, con il solo aiuto di Marian, indietro in territorio alleato.