Sono sono stati allevati per obbedienza.
E devono obbedire a colui che ha dato l'ordine, signor Palpatine. Quindi, vedi, in realtà non hanno cambiato lato.

Nel caso in cui ufficiali Jedi agissero contro gli interessi della Repubblica, e dopo aver ricevuto ordini specifici verificati come provenienti direttamente dal Comandante Supremo ( Cancelliere), i comandanti GAR [Grande Armata della Repubblica] rimuoveranno quegli ufficiali con la forza letale e il comando del GAR tornerà al Comandante Supremo (Cancelliere) fino a quando non verrà stabilita una nuova struttura di comando.

Era il suo piano fin dall'inizio, fare una finta guerra tra l'esercito di droidi e l'esercito di cloni (in effetti, creare l'esercito di cloni a causa della falsa minaccia dell'esercito di droidi), per distogliere l'attenzione, rendere occupati i Jedi, ed eliminarli con quel colpo veloce.

Vedi qui per informazioni più dettagliate

Utilizzando l'attacco di Mace Windu come pretesto, Palpatine emette l'Ordine 66, un comando militare prestabilito che ordina a tutti i Clone Troopers di eseguire i loro comandanti Jedi nel caso in cui i Jedi "tradiscono" il Repubblica. Darth Vader guida il raid al Tempio Jedi con la 501a Legione dei Cloni Trooper e uccide tutti i Jedi nel Tempio, compresi i giovani Jedi che vivono nel Tempio.

Ecco la mia lettura di questo: i Clone Troopers, sebbene in realtà "raccolti" dai Jedi e successivamente guidati da Yoda, appartenevano alla Repubblica (che difficilmente avrebbe dato ai Jedi il proprio esercito privato). Così, la loro catena di comando salì attraverso i comandanti Jedi fino al capo dell'esecutivo eletto dal Senato per guidare la Repubblica nei suoi tempi di difficoltà: il Cancelliere Palpatine. In qualsiasi situazione normale, ci si potrebbe aspettare che siano fedeli ai loro generali; ma come Juan ha sottolineato sopra, questi ragazzi sono stati allevati per l'obbedienza. Quindi avrebbero obbedito al loro comandante in capo, Palpatine, a qualsiasi ordine impartito dai Jedi.

Secondo Star Wars: The Clone Wars - The Lost Missions (Unfinished Season 6) lanciato di recente, era un chip inibitore incorporato nel cervello dei cloni che all'epoca rendeva i cloni anti-Jedi dell'ordine 66.

Il chip inibitore apparteneva al Conte Dooku e Lama Su accettò questo impianto in base a un Protocollo 66 segreto che era un sistema di sicurezza contro i Jedi canaglia.

Come alcune risposte precedenti, Mine proviene dalla serie Star Wars: The Clone Wars. Stagione 6. Ho dimenticato il nome esatto dell'episodio, qualcosa come "The Lost".

ESTREMA ATTENZIONE !!! DARE VIA IN ANTICIPO !!! LEGGI A PROPRIO RISCHIO DI SPOILERIA !!!

Comunque, in questo episodio, inizia con un soldato che ha un chip organico malfunzionante nel cervello. Il suo chip malfunzionante gli fa pensare che l'Ordine 66 sia già stato emesso e tradisce un Jedi nel mezzo della battaglia. Successivamente riacquista la sua identità precedente e viene portato a Kamino per l'ispezione. Un suo amico viene con lui, ma non è consentito nella zona. Più tardi, scoprono cosa ha fatto e non lo dicono al poliziotto che è venuto con il paziente. La specie di soldato "diventa canaglia" e raggiunge un amico che è un droide che ha eseguito la procedura. Trovano il chip e scoprono cosa fa. Si toglie il chip dal cervello e cerca di dire a tutti cosa fa. Tutti pensano che sia pazzo e finisce per essere ucciso accidentalmente da un commilitone. Morte triste e blab blah blah. Il punto è che era un chip programmabile simile a un tumore impiantato nel loro cervello. Hanno praticamente perso la volontà di obbedire ai generali quando il signor Ex Cancelliere / Imperatore ha detto "Esegui l'ordine 66". Sono sicuro che hai il promemoria.

Ecco il problema, il motivo è perché, se avete mai visto la sesta stagione della serie tv di star wars the clone wars, l'episodio perduto è che ecco che arrivano gli spoiler. e pensavano che fossero Jedi, quindi ordinarono di piantare dei chip in ogni clone mangiato molto giovane, ecco perché quando il cancelliere palatino disse di eseguire l'ordine 66, tutti seguirono perché gli fu fatto il lavaggio del cervello pensando che i Jedi fossero i SITH e i SITH lo sono i Jedi quindi il motivo per cui hanno tradito era un comando di lavaggio del cervello

Quindi, fondamentalmente, quando Palpatine creò la Grande Armata della Repubblica, ordinò al suo apprendista, il conte Dooku / Darth Tyrannus di mettere un chip all'interno di ciascuno dei clone troopers. Ciò che il chip ha fatto è stato che quando il Cancelliere dice loro di eseguire "Ordine 66", vedranno tutti i Jedi come traditori della Repubblica e cercheranno di distruggerli. Anche così, c'erano alcuni cloni che hanno disobbedito all'Ordine 66 perché avevano i loro chip precedentemente rimossi (come il Capitano Rex, per esempio). Se guardi la serie animata, The Clone Wars, imparerai molto di più sull'Ordine 66 e su tutti i cloni.